Khi mô hình có biến trung gian, biến trung gian sẽ đóng vai trò vừa là độc lập trong mối quan hệ này nhưng cũng vừa là phụ thuộc trong mối quan hệ khác. Trong mô hình bên dưới, chúng ta sẽ tách làm hai mô hình nhỏ:
- Tiền lương (độc lập) với Hài lòng công việc (phụ thuộc): chạy riêng cho biến Tiền lương, chạy riêng cho biến Hài lòng công việc.
- Hài lòng công việc (độc lập) với Gắn bó công ty (phụ thuộc): chạy riêng cho biến Hài lòng công việc, chạy riêng cho biến Gắn bó công ty.
Nếu phân tích chung EFA nhưng kết quả ma trận xoay xáo trộn chúng ta sẽ tách thành từng lần EFA theo chức năng biến. Tách nhỏ mô hình ra từng cặp quan hệ cơ bản độc lập - phụ thuộc rồi phân tích EFA riêng cho độc lập, riêng cho phụ thuộc. Suy ra, khi chạy EFA cho mô hình có biến trung gian, chúng ta sẽ chạy 3 lần EFA cho từng dạng biến: 1 EFA cho độc lập, 1 EFA cho trung gian, 1 EFA cho phụ thuộc.
Xem thêm: Giáo trình xử lý SPSS có dữ liệu thực hành
Không có quan điểm của các tác giả nào uy tín về việc phân tích EFA cho biến điều tiết. Nhưng về nguyên tắc mối quan hệ, biến điều tiết có chức năng điều tiết một mối quan hệ làm nó mạnh hơn hay yếu đi, do vậy nó hoàn toàn không phù hợp cho việc đưa vào phân tích EFA chung với bất cứ biến nào khác. Do vậy, nếu tồn tại biến điều tiết trong mô hình, chúng ta thực hiện EFA cho riêng một mình biến điều tiết. Nếu có nhiều biến điều tiết cùng điều tiết một mối quan hệ, chúng ta chạy một EFA cho mỗi biến điều tiết. Nếu có nhiều biến điều tiết và mỗi biến điều tiết điều tiết một mối quan hệ khác nhau, chúng ta có thể chạy chung EFA cho tất cả các biến điều tiết.

Từ phần phân tích ở bước 1, chúng ta có được 4 lần chạy EFA sau đây:
- EFA cho ba biến độc lập A, B, C.
- EFA cho biến X
- EFA cho biến Z
- EFA cho biến Y